W Muzeum Akropolu, wzniesionym poniżej głównych zabytków, znajdują się wszystkie przedmioty przeniesione ze wzgórza od 1834r. (z wyjątkiem kilku rzeźb z brązu wystawionych w Narodowym Muzeum Archeologicznym). W ostatnich latach zbiory znacznie się powiększyły, coraz więcej dzieł sztuki chroni się bowiem przed bezpośrednim wpływem zanieczyszczeń.

W pierwszych salach po lewej od westybulu oglądać można fragmenty rzeźb z frontonu Starej Świątyni Ateny (VII-VI w. p.n.e.), które dają niezłe wyobrażenie o żywych kolorach używanych wówczas do zdobienia obiektów kultu religijnego. Dalej stoi malowany marmurowy posąg Moschoforosa, młodzieńca niosącego ofiarnego cielca. Rzeźba pochodzi z 570 r. p.n.e. i jest jednym z najstarszych przykładów kunsztu greckich rzeźbiarzy tworzących w marmurze. W sali 4 zgroma­dzono jedne z najcenniejszych skarbów muzeum — unikatową kolekcję posągów młodych dziewcząt (Kor), stworzonych ok. VI w. p.n.e. jako dar dla Ateny. Poszczególne figury przedstawiają kolejne style sztuki i mody, od prostych strojów doryckich po bardziej eleganckie i bogatsze jońskie. Stopniowo zmieniają się też uśmiechy wyrzeźbionych dziewcząt, stają się coraz bardziej swobodne i naturalne.

Fragmenty fryzu partenońskiego w sali 7 wyleciały w powietrze podczas eksplozji arsenału i zostały przysypane ziemią, dzięki czemu uniknęły szponów lorda Elgina. Przedstawiają Ateńczyków uczestniczących w procesji panatenajskiej. To, że do zdobienia świątyni posłużyły wizerunki aż tylu zwykłych śmiertelników, dobitnie wskazuje na dumę z samych siebie, przepełniającą Ateńczyków w okresie Złotego Wieku. W przyległej sali stoi zgrabna, opływowa rzeźba Ateny Nike wiążącej rozluźniony sandał. W ostatniej sali, w rozrzedzonej atmosferze w szklanej gablocie, podziwiać można natomiast dwie autentyczne, na wpół zniszczone kariatydy z Erechtejonu.