Długa grobla, ochraniająca port od północy, łączy miasto NAKSOS (Hora) z wysepką Palatią, gdzie według legendy Tezeusz porzucił Ariadnę, wracając z Krety do domu. Olbrzymi, kamienny portal Świątyni Apolla wciąż tu stoi, budowany na rozkaz tyrana Lygdamisa w VI w. p.n.e., lecz nigdy nie dokończony. Życie miasta skupia się w zatłoczonej esplanadzie portu i na komercyjnych uliczkach tuż poza nią. Wystarczy dojść do tych alejek, a można tam odczuć średniowieczną atmosferę. Nieco klaustrofobiczne, ciche uliczki za portem, prowadzą wzdłuż sypiących się balkonów i przez niskie łuki do otoczonego fortyfikacjami Kastro, skąd Marco Sanudo i jego następcy rządzili Cykladami w imieniu Wenecjan. Zachowały się tylko dwie — należące do rodzin Sanudo i Glezos — z oryginalnych siedmiu wież, chociaż północna brama (dojście do Apollonos) przetrwała, jako wspaniały przykład średniowiecznego wejścia do portu. Katoliccy potomkowie Wenecjan (których liczba maleje) wciąż mieszkają w starych rezydencjach otaczających to miejsce, wiele z nich ma antyczne herby, umieszczone ponad sypiącymi się wejściami. Inne zabytki, które przetrwały na tym samym obszarze, obejmują XVII-wieczny klasztor Urszula­nek, rzymsko-katolicką katedrę (odnowioną z wątpliwym smakiem w latach pięćdziesiątych, chociaż wewnątrz wciąż widać XIII-wieczny herb) i jedną z pierw­szych szkół otomańskich w Grecji, Szkołę Francuską, otwartą w 1627 roku (uczęszczał do niej, choć krótko, Nikos Kazantzakis).

Obecnie znajduje się tu wspaniałe Muzeum Archeologiczne (codz. oprócz pn., 830-15.00; 400 dr), którego bogata kolekcja znalezisk z różnych epok — w większości garncarstwo — wskazuje, że Naksos było zamieszkane bez przerwy przez całą starożytność, od neolitu do czasów rzymskich.